Непосредственно в составе института существуют отделы генетических растительных ресурсов: пшеницы; овса, ржи, ячменя;
зернобобовых культур; крупяных культур; кормовых культур; масличных и прядильных культур; картофеля; овощных и бахчевых культур; плодовых культур. Кроме того, существуют методические отделы и лаборатории, специализирующиеся в различных областях биологических исследований: агроботаники и in-situ сохранения;
биотехнологии; биохимии и молекулярной биологии; генетики; зарубежных связей; информационно-технического обеспечения ГРР; физиологии устойчивости растений; лаборатория длительного хранения ГРР; лаборатория молекулярной и экологической генетики;
лаборатория мониторинга генетической эрозии растительных ресурсов; группа интродукции; группа агрометеорологии.
ФИЦ Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова (ВИР) Министерства науки и высшего образования